Η Ιατρική υπηρεσία υπάγεται στη Διεύθυνση Ιατρικής Υπηρεσίας του ενοποιημένου Γ.Ν.Θ. ΙΠΠΟΚΡΑΤΕΙΟ και Αφροδισίων και Δερματικών Νόσων και αποτελείται από τα εξής τμήματα: